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污染原因芝棒污染的根本原因是竞争性杂菌入侵感染，芝棒大范围污染事件多发生在灵芝栽培老产区，其污染原因归纳起来主要有以下几个方面：栽培品种抗逆性减弱抗逆性减弱是品种种性退化的一个表现，这是芝棒污染的内因。菌种不合格主要表现为栽培种带有杂菌；菌龄过长，菌种老化，萌发力差，吃料慢，菌丝弱，接种后封面时间长；高温、变温培养的菌种，菌丝纤细无力，扩展缓慢。栽培季节安排不当一是芝棒制作及接种期安排过晚（如2月以后），如春季突遇高温天气，发菌棚内温度达到40弋以上,极易“烧菌”，菌丝生理活动受到限制并逐渐死亡，各种杂菌趁机感染。二是芝棒制作及接种期安排过早（如11月以前），接种期间气温高，杂菌活跃，菌棒易感染。芝场环境污染主要是上年度染杂菌袋和出过芝的老袋以及当年污染的菌袋在房前、屋后、马路边、芝场旁边晾晒，没有及时清理销毁，致使大量霉菌孢子在空气中飞扬，造成环境污染。
第3个是六芝和灵芝之间的联系，在中国古代“灵芝”一词有很多含义，而《神农本草经》中的六芝只是根据药性进行系统的分类。人们将灵芝当作祥瑞，大概认为它有“灵”，主要是由药性和丰富的象征意象共同决定。一些专家学者将六芝与灵芝进行对比分析得出结论：六芝从根本上说，它的组成只是由赤芝和紫芝。《神农本草经》中记载的黄芝、白芝、青芝、黑芝四芝，在其他古代药物著作中，对它们的记载很少，对它们的记载，第1个是《本草纲目》，书中是这样描述的：黑芝又非常撤且多黄白，稀有黑青者；第2个是《瑞应图》，书中是这样描述的：芝草常以六月生，春青、夏紫、秋白、冬黑。根据现代的药物研究者研究和查找相关药物著作得出：赤芝在成长阶段，初的菌盖是白色或者是黄白色，紫芝的菌盖颜色比较深，接近于黑色。古代医学著作中所记载的黄芝、白芝、青芝、黑芝四芝也可能指的就是赤芝及紫芝。一些药物学家认为，灵芝的主要特征是菌盖的外形像人的肾脏，半圆形或者类似于圆形，表面颜色呈褐黄色或红梅色，有很好的光泽性，还具有菌柄。菌肉的上半部分的颜色较浅，下半部分较深，与许多医学著作所记载赤芝很相似，因此赤芝这一类灵芝可以作为灵芝的代表的说法是很有权威性的，推测古代医学著作中的灵芝就是赤芝。
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